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• Meilleur usage des terres en combinant les strates cultivées

Les systèmes agroforestiers permettent des gains de production de biomasse totale à l'échelle des parcelles agricoles. Ce gain de production s'explique par l'optimisation de l'utilisation des ressources naturelles du milieu (la lumière, l’eau et les apports sont prélevés plus efficacement grâce à un étagement des cultures, des systèmes racinaires de profondeurs variées et une occupation du sol permanente) et par la complémentarité entre les arbres et les cultures (l’arbre remonte par exemple l’eau et les minéraux des couches profondes du sol pour les remettre à disposition des cultures de surface).

• Protection des ressources

- Protection et fertilité du sol : les sols agricoles sont davantage protégés du vent et du ruissellement. Ils sont également enrichis par un apport de matière organique (décomposition des feuilles, des racines des arbres et des résidus de taille) et par une meilleure aération du sol (stimulation de la faune et microfaune du sol).
- Gestion et qualité de l'eau : le système racinaire profond de l’arbre permet une meilleure exploitation de l’eau souterraine et une meilleure capacité de stockage des eaux pluviales, de même que la récupération les éléments fertilisants lessivés comme l’azote.
- Biodiversité accrue : la diversité des espèces fournit des habitats et de la nourriture pour des espèces animales et végétales diversifiées et permet la réintroduction des auxiliaires de cultures et des pollinisateurs. En outre, la continuité paysagère est favorable à la diffusion des espèces.
- Paysages : à l’échelle régionale, la conversion à l’agroforesterie d’une partie de la surface agricole utile permet l’amélioration de la biodiversité totale, et des paysages agricoles, en réponse à l'homogénéisation des paysages régionaux.

• Atténuation du changement climatique et de ses effets

En plus d'être des puits de carbone, les arbres atténuent les effets dévastateurs de l’instabilité du climat (excès d’ensoleillement ou de vent). Au niveau régional, les arbres bien répartis dans de nombreuses parcelles résistent eux-mêmes bien au vent grâce à leur enracinement profond, diminuent le vent moyen et favorisent les précipitations.