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Phénotypage moléculaire à partir de coupes de tissus

La recherche de marqueurs peut s'appliquer aux tissus grâce à une analyse directe in situ par spectrométrie de masse MALDI-TOF.

Cette approche peut s'appliquer aussi bien en protéomique qu'en lipidomique.

Le phénotypage tissulaire ou profiling sur tissu consiste à analyser les biomolécules en un ou plusieurs points d'un tissu afin d'obtenir des profils spectraux caractéristiques d'un tissu ou d'une région d'intérêt.

Après la cryosection, la matrice peut être manuellement déposée à l'aide d'une pipette. Plusieurs spectres moyens peuvent ensuite être enregistrés pour chacun de ces spots.

Le profiling sur tissu est appliqué pour des tissus relativement homogènes (même profils attendus en plusieurs points) contrairement à l'imagerie moléculaire qui sera appliquée plutôt pour l'analyse de tissus très différentiés.

©PIXANIM@INRAE

Les profils spectraux obtenus pour différents spots, issus de différentes coupes de tissus >> issus de différents organes >> issus de différents animaux >> issus de différentes conditions sont ensuite traités pour des analyses différentielles dans le but de caractériser des biomarqueurs.

Cette approche a été récemment appliquée à l'analyse protéomique du muscle cardiaque, chez le bélier, pour évaluer les dommages causés par les chocs électriques d'un défibrillateur.

Bodin A, Labas V, Bisson A, Teixeira-Gomes AP, Blasco H, Tomas D, Combes-Soia L, Marcelo P, Miquelestorena-Standley E, Baron C, Angoulvant D, Babuty D, Clementy N.Acute pathophysiological myocardial changes following intra-cardiac electrical shocks using a proteomic approach in a sheep model. Sci Rep. 2020 Nov 20;10(1):20252.doi: 10.1038/s41598-020-77346-x. PMID: 33219330; PMCID: PMC7679418.

Phénotypage moléculaire à partir de fluides biologiques

Les fluides biologiques sont aussi des cibles majeures pour la recherche de marqueurs de nature peptidique, protéique ou lipidique.

Leurs analyses par spectrométrie de masse MALDI-TOF peuvent nécessiter des traitements préalables, notamment en protéomique. Selon les fluides, il peut être appliqué des étapes de dessalage par SPE (ex Zip Tip C4 ou C18, spin colonnes) ou de précipitation de protéines ou des ultracentrifugations (ex Amicon, centricon) afin d'enrichir dans une certaine gamme de masse. Cependant, en lipidomique, les fluides sont analysés directement par MALDI-TOF, sans extraction lipidique préalable, en utilisant le mode négatif et le mode positif (polarité appliquée sur la plaque MALDI) afin de visualiser différentes familles de lipides.

PIXANIM applique le phénotypage moléculaire par profiling à haut débit à différents modèles biologiques tels que la salive, le plasma séminal, le fluide folliculaire, le mucus cervical, le fluide oviductal...

Le profiling peut également s'appliquer spécifiquement aux vésicules présentes dans les fluides telles que les exosomes ou les microvésicules, à la fois en protéomique et en lipidomique.

Ex : spectres MALDI-TOF représentatifs des exosomes et des microvésicules issus du fluide folliculaire bovin

©PIXANIM@INRAE