Pôle Génotypage

BioForA-Val-de-Loire
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Pôle Génotypage

Pôle Génotypage

Animateur du Pôle Génotypage : Vanina Guérin
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L’unité BioForA travaille depuis de nombreuses années sur l’amélioration et la conservation de plusieurs espèces forestières. Pour cela nous avons développé des méthodes d’extraction d’ADN et des outils moléculaires pour caractériser la diversité chez ces espèces.

Ces méthodes et outils peuvent être utilisés aujourd’hui en routine pour des objectifs de traçabilité, détection d’hybrides, de clones, d’apparentements.

Les compétences et les outils pour le génotypage

Les compétences et les outils pour le génotypage:

  • Extraction s d’ADN sur différents tissus (bourgeons, feuilles, aiguilles, cambium, bois …).
  • Outils de marquage moléculaire disponibles :

TYPES DE MARQUEURS

MARQUEURS MICROSATELLITES NUCLÉAIRES

MARQUEURS CHLOROPLASTIQUES ET MITOCHONDRIAUX

MARQUEURS AUTO-INCOMPATIBILITÉ

ESPÈCES

Peupliers et saules

x

  

Merisier

x

 

X

Douglas

x

  

Mélèzes

x

x (hybridation)

 

Frênes

x

  

Chênes

x

  

Pin sylvestre

x

x

 

Alisier torminal

x

  

Hêtre

x

  

Cèdre

x

x

 

Sapin

x

x

 

Pin de Salzman

 

x

 

Exemple d’applications

  • traçabilité de cultivars de peuplier, de merisiers (nous avons accès aux clones de référence).
  • Détection d’hybrides chez les mélèzes, les peupliers.
  • Quantification de la clonalité chez les peupliers.
  • Évaluation de l’apparentement (toutes les espèces citées ci-dessus)
  • Détermination d’espèces chez les chênes
  • Flux de gènes et suivi de la reproduction en milieu naturel et au sein de vergers à graines

Équipements :

  • Thermocycleurs
  • Séquenceur à 8 capillaires

Les personnes impliquées :

Bénédicte Le Guerroué, Vanina Benoit, Corinne Buret

Contact

vanina.benoit[at]inrae.fr

Références

Philippe, G., Buret, C., Matz, S., Pâques, L. (2016). Composition of hybrid larch (Larix × eurolepis Henry) forest reproductive materials: How much does hybrid percentage affect stand performance? New Forests, 47 (4), 541–564. DOI : 10.1007/s11056-016-9530-z

Nardin, M., Musch, B., Rousselle, Y., Guérin, V., Sanchez, L., Rossi, J.-P., Gerber, S., Marin, S., Pâques, L. E., Rozenberg, P. (2015). Genetic differentiation of European larch along an altitudinal gradient in the French Alps. Annals of Forest Science, 72 (5), 517-527. DOI : 10.1007/s13595-015-0483-8

Dowkiw, A., Chenault, N., Guérin, V., Borel, C., Bastien, C., Villar, M. (2014). Post-pollination paternal reproductive success in Populus nigra: a male affair. Tree Genetics and Genomes, 10 (3), 565-572. DOI : 10.1007/s11295-014-0704-6

Oddou-Muratorio, S., Houot, M.L., Demesure-Musch, B., Austerlitz, F. (2003). Pollen flow in the wildservie tree, Sorbus torminalis (L.) Crantz. 1. Evaluating the paternity analysis procedure in continuous populations. Molecular Ecology, 12, 3427-3439.           

Oddou-Muratorio, S., Aligon, C., Decroocq, S., Plomion, C., Lamant, T., Mush-Demesure, B. (2001). Microsatellite primers for Sorbus torminalis and related species. Molecular Ecology Notes, 1, 297-299.

Stoeckel, S., Klein, E.K., Oddou-Muratorio, S., Musch, B., Mariette, S. (2012). Microevolution Of S-Allele Frequencies In Wild Cherry Populations: Respective Impacts Of Negative Frequency Dependent Selection And Genetic Drift. Evolution, 66 (2), 486-504. , DOI : 10.1111/j.1558-5646.2011.01457.x

Date de modification : 05 janvier 2024 | Date de création : 28 mai 2020 | Rédaction : BV