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Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique

Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en bioinformatique pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de données « omiques ». Issues des nouvelles technologies de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement :

• à des séquences d’ADN génomique obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs génomes (par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement.
• des séquences d’ARN (RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (transcriptome) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques.

D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage.

Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...).

Techniques mises en œuvre

• Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes
  • Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS)
  • Transcriptome (RNA-seq)
• Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique
  • Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels)
• Intégration des données générées dans les bases de données
• Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées

Activités transversales et d’enseignement

Réseaux

• Co-animatrice avec Nathalie Boizot du Conseil des Laboratoires de l’Unité (CLU) entre juillet 2014 et décembre 2018.
• Membre la Commission Locale des Systèmes d’Information (CLSI) de l’INRAE Val-de-Loire.
• Participation au Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI) :
  • CATI CGI (CATI en Génomique Info) de 2012 à 2018.
  • CATI Bios4Biol (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) depuis 2019.
• Participation au réseau de Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique (PEPI) d’Ingénierie Bio-Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS); correspondante locale du PEPI pour le site d’Orléans.
• Participation au groupe de travail visant à mettre en place un plan de gestion de données (PGD) de structure sous DMP Opidor (gestion des données).

Encadrement

• 2016 Souhila Amanzougarene, Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG), Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir »
• 2015 Matthias Blanchandin, DUT Informatique, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données "sélection participative" développée à l'INRA du Moulon »

 Activités d’enseignement

• Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG) de l’université d’Orléans : 4h de TD de Bioinformatique depuis 2018

Participation aux projets

Je participe actuellement (en 2019) à plusieurs projets européens (GenTree, B4EST), nationaux (EpiTree, EpiNet, InfoSys4GS) et régionaux (SPEAL2)

Valorisation

Mes publications se trouvent sur les sites HAL ou ORCID

Cursus

2005 : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille.

2004 : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille.

2003 : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble.

Carrière

Depuis 2018 : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRA, Orléans, France.

Du 11/2011 à 2017 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France.

2011 : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants.

2009-2010 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb.

2007-2008 : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS).

2006-2007 : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.